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    qc3C: Reference-free quality control for Hi-C sequencing data.
    DeMaere, MZ ; Darling, AE
    In: PLoS computational biology, Jg. 17 (2021-10-11), Heft 10, S. e1008839
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    One is not enough: On the effects of reference genome for the mapping and subsequent analyses of short-reads.
    Valiente-Mullor, C ; Beamud, B ; et al.
    In: PLoS computational biology, Jg. 17 (2021-01-27), Heft 1, S. e1008678
    Online academicJournal
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    Dissecting seed pigmentation-associated genomic loci and genes by employing dual approaches of reference-based and k-mer-based GWAS with 438 Glycine accessions.
    Kim, JH ; Park, JS ; et al.
    In: PloS one, Jg. 15 (2020-12-01), Heft 12, S. e0243085
    Online academicJournal
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    ProphET, prophage estimation tool: A stand-alone prophage sequence prediction tool with self-updating reference database.
    Reis-Cunha, JL ; Bartholomeu, DC ; et al.
    In: PloS one, Jg. 14 (2019-10-02), Heft 10, S. e0223364
    Online academicJournal
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    A statistical model for reference-free inference of archaic local ancestry.
    Durvasula, A ; Sankararaman, S
    In: PLoS genetics, Jg. 15 (2019-05-28), Heft 5, S. e1008175
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    Graph Peak Caller: Calling ChIP-seq peaks on graph-based reference genomes.
    Grytten, I ; Rand, KD ; et al.
    In: PLoS computational biology, Jg. 15 (2019-02-19), Heft 2, S. e1006731
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    Estimation of genomic prediction accuracy from reference populations with varying degrees of relationship.
    Lee, SH ; Clark, S ; et al.
    In: PloS one, Jg. 12 (2017-12-21), Heft 12, S. e0189775
    Online academicJournal
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    Zika genomics urgently need standardized and curated reference sequences.
    Theys, K ; Libin, P ; et al.
    In: PLoS pathogens, Jg. 13 (2017-09-07), Heft 9, S. e1006528
    Online academicJournal
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    Comprehensive Annotation of the Parastagonospora nodorum Reference Genome Using Next-Generation Genomics, Transcriptomics and Proteogenomics.
    Syme, RA ; Tan, KC ; et al.
    In: PloS one, Jg. 11 (2016-02-03), Heft 2, S. e0147221
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    One Size Doesn't Fit All - RefEditor: Building Personalized Diploid Reference Genome to Improve Read Mapping and Genotype Calling in Next Generation Sequencing Studies.
    Yuan, S ; Johnston, HR ; et al.
    In: PLoS computational biology, Jg. 11 (2015-08-12), Heft 8, S. e1004448
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    De novo Transcriptome Assemblies of Rana (Lithobates) catesbeiana and Xenopus laevis Tadpole Livers for Comparative Genomics without Reference Genomes.
    Birol, I ; Behsaz, B ; et al.
    In: PloS one, Jg. 10 (2015-06-29), Heft 6, S. e0130720
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    Two low coverage bird genomes and a comparison of reference-guided versus de novo genome assemblies.
    Card, DC ; Schield, DR ; et al.
    In: PloS one, Jg. 9 (2014-09-05), Heft 9, S. e106649
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    A reference pan-genome approach to comparative bacterial genomics: identification of novel epidemiological markers in pathogenic Campylobacter.
    Méric, G ; Yahara, K ; et al.
    In: PloS one, Jg. 9 (2014-03-27), Heft 3, S. e92798
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    Genomic characterization of group C Orthobunyavirus reference strains and recent South American clinical isolates.
    Hang, J ; Forshey, BM ; et al.
    In: PloS one, Jg. 9 (2014-03-14), Heft 3, S. e92114
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    On combining reference data to improve imputation accuracy.
    Chen, J ; Zhang, JG ; et al.
    In: PloS one, Jg. 8 (2013), Heft 1, S. e55600
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    Reference-free comparative genomics of 174 chloroplasts.
    Kua, CS ; Ruan, J ; et al.
    In: PloS one, Jg. 7 (2012), Heft 11, S. e48995
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  17. Detailansicht für Treffer 17 öffnen
    Effect of reference genome selection on the performance of computational methods for genome-wide protein-protein interaction prediction.
    Muley, VY ; Ranjan, A
    In: PloS one, Jg. 7 (2012), Heft 7, S. e42057
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    Next-generation sequencing of human mitochondrial reference genomes uncovers high heteroplasmy frequency.
    Sosa, MX ; Sivakumar, IK ; et al.
    In: PLoS computational biology, Jg. 8 (2012), Heft 10, S. e1002737
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    arrayMap: a reference resource for genomic copy number imbalances in human malignancies.
    Cai, H ; Kumar, N ; et al.
    In: PloS one, Jg. 7 (2012), Heft 5, S. e36944
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  20. Detailansicht für Treffer 20 öffnen
    Pseudogenes as weaknesses of ACTB (Actb) and GAPDH (Gapdh) used as reference genes in reverse transcription and polymerase chain reactions.
    Sun, Y ; Li, Y ; et al.
    In: PloS one, Jg. 7 (2012), Heft 8, S. e41659
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