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Broomcorn millet (Panicum miliaceum L.), known for its traits of drought resistance, adaptability to poor soil, short growth period, and high photosynthetic efficiency as a C 4 plant, represents one of the earliest domesticated crops globally. This study reports the telomere-to-telomere (T2T) gap-free reference genome for broomcorn millet (AJ8) using PacBio high-fidelity (HiFi) long reads, Oxford Nanopore long-read technologies and high-throughput chromosome conformation capture (Hi-C) sequencing data. The size of AJ8 genome was approximately 834.7 Mb, anchored onto 18 pseudo-chromosomes. Notably, 18 centromeres and 36 telomeres were obtained. The assembled genome showed high quality in terms of completeness (BUSCO score: 99.6%, QV: 61.7, LAI value: 20.4). In addition, 63,678 protein-coding genes and 433.8 Mb (~52.0%) repetitive sequences were identified. The complete reference genome for broomcorn millet provides a valuable resource for genetic studies and breeding of this important cereal crop.

Titel:	A complete reference genome of broomcorn millet.
Autor/in / Beteiligte Person:	Wang, H ; Wang, J ; Chen, C ; Chen, L ; Li, M ; Qin, H ; Tian, X ; Hou, S ; Yang, X ; Jian, J ; Gao, P ; Wang, L ; Qiao, Z ; Mu, Z
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	Scientific data, Jg. 11 (2024-06-21), Heft 1, S. 657
Veröffentlichung:	London : Nature Publishing Group, 2014-, 2024
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	2052-4463 (electronic)
DOI:	10.1038/s41597-024-03489-5
Schlagwort:	Telomere genetics Chromosomes, Plant Genome, Plant Panicum genetics
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Dataset; Journal Article Language: English [Sci Data] 2024 Jun 21; Vol. 11 (1), pp. 657. <i>Date of Electronic Publication: </i>2024 Jun 21. MeSH Terms: Genome, Plant* ; Panicum* / genetics ; Telomere / genetics ; Chromosomes, Plant References: Nat Commun. 2018 Dec 6;9(1):5213. (PMID: 30523281) ; Bioinformatics. 2009 Jul 15;25(14):1754-60. (PMID: 19451168) ; Curr Protoc Bioinformatics. 2004 May;Chapter 4:Unit 4.10. (PMID: 18428725) ; Nat Methods. 2022 Jun;19(6):687-695. (PMID: 35361931) ; Nat Methods. 2022 Jun;19(6):705-710. (PMID: 35365778) ; Bioinformatics. 2005 Jun;21 Suppl 1:i351-8. (PMID: 15961478) ; Genome Biol. 2020 Sep 14;21(1):245. (PMID: 32928274) ; Nucleic Acids Res. 1999 Jan 15;27(2):573-80. (PMID: 9862982) ; Methods Mol Biol. 2019;1962:227-245. (PMID: 31020564) ; Plant J. 2023 Feb;113(4):787-801. (PMID: 36575912) ; Front Plant Sci. 2017 Jan 09;7:1961. (PMID: 28119699) ; Nat Methods. 2015 Jan;12(1):59-60. (PMID: 25402007) ; Nat Methods. 2015 Apr;12(4):357-60. (PMID: 25751142) ; Science. 2017 Apr 7;356(6333):92-95. (PMID: 28336562) ; Nat Biotechnol. 2011 May 15;29(7):644-52. (PMID: 21572440) ; Cell Syst. 2016 Jul;3(1):95-8. (PMID: 27467249) ; Nat Commun. 2019 Jan 25;10(1):464. (PMID: 30683940) ; Sci Data. 2023 Nov 4;10(1):768. (PMID: 37925542) ; Nature. 2009 Jan 29;457(7229):551-6. (PMID: 19189423) ; Nat Commun. 2019 Jan 25;10(1):436. (PMID: 30683860) ; Mol Ecol Resour. 2021 Jan;21(1):301-315. (PMID: 32985096) ; Hortic Res. 2023 Aug 29;10(10):uhad171. (PMID: 37841499) ; Bioinformatics. 2018 Sep 1;34(17):i884-i890. (PMID: 30423086) ; Genome Res. 2017 May;27(5):737-746. (PMID: 28100585) ; Methods Mol Biol. 2019;1962:161-177. (PMID: 31020559) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 May 5;106(18):7367-72. (PMID: 19383791) ; Nucleic Acids Res. 2003 Oct 1;31(19):5654-66. (PMID: 14500829) ; Methods. 2012 Nov;58(3):268-76. (PMID: 22652625) ; Gigascience. 2018 Jan 1;7(1):1-6. (PMID: 29220494) ; BMC Genomics. 2016 May 10;17:343. (PMID: 27165545) ; Nat Genet. 2023 Jul;55(7):1221-1231. (PMID: 37322109) ; Genome Biol. 2019 Dec 16;20(1):278. (PMID: 31842956) ; Nat Methods. 2021 Feb;18(2):170-175. (PMID: 33526886) ; Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W465-7. (PMID: 15980513) ; Nat Biotechnol. 2012 May 13;30(6):555-61. (PMID: 22580951) ; Commun Biol. 2023 Sep 4;6(1):902. (PMID: 37667032) ; Nucleic Acids Res. 2007 Jul;35(Web Server issue):W265-8. (PMID: 17485477) ; Genome Biol. 2008 Jan 11;9(1):R7. (PMID: 18190707) ; Mol Plant. 2023 Aug 7;16(8):1232-1236. (PMID: 37553831) ; Nat Methods. 2013 Jun;10(6):563-9. (PMID: 23644548) ; Plant Commun. 2023 May 8;4(3):100557. (PMID: 36760128) ; Nat Commun. 2023 Aug 25;14(1):5194. (PMID: 37626056) ; Genome Biol. 2015 Dec 01;16:259. (PMID: 26619908) ; Nat Commun. 2023 Apr 19;14(1):2204. (PMID: 37076529) ; Mol Plant. 2022 Aug 1;15(8):1247-1250. (PMID: 35655433) ; Bioinformatics. 2018 Sep 15;34(18):3094-3100. (PMID: 29750242) ; J Exp Bot. 2014 Jul;65(12):3165-75. (PMID: 24723408) ; Plant Biotechnol J. 2022 Jul;20(7):1373-1386. (PMID: 35338551) ; Science. 2008 Apr 25;320(5875):486-8. (PMID: 18436778) ; Hortic Res. 2023 Jun 13;10(8):uhad127. (PMID: 37560017) Entry Date(s): Date Created: 20240621 Date Completed: 20240621 Latest Revision: 20240624 Update Code: 20240624 PubMed Central ID: PMC11192726

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A complete reference genome of broomcorn millet.